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台軍目前有立八個特種部隊，包括陸軍、海軍陸戰隊及憲兵三個特勤隊，及陸軍“海龍蛙兵”兩栖偵察營、陸軍空降部隊，海軍兩栖偵搜大隊、爆破大隊和水下作業大隊。
八大特種部隊中，陸軍“涼山”、海軍陸戰隊“黑衣”和“憲兵”“夜鷹”三支特勤隊，是菁英中的菁英，除了執行特殊任務外，還負責台灣北中南區的反恐，有時還支持警方處理重大事故。一九八六年的岩灣監獄暴動，就是“黑衣”與“涼山”支持警政署保一總隊，才能迅速壓制。
隸屬於陸軍航特指揮部的“涼山特勤隊”，是最為台灣民眾熟知的特種部隊。去年八八風災時英勇救出全村老小的佳暮英雄徐仁輝、徐仁明兄弟，就是涼山成員。一九八○年成立，執行地面特戰及空降任務。
俗稱“黑衣部隊”的海軍陸戰隊特勤隊，隊徽是一把劍及閃電，黑底紅邊，象徵快、狠、准的行動作風，雖然一九八○年即已成立，但直到一九九五年華興演習時才首度亮相，至今仍是三大特勤隊最神秘的一支。
“憲兵”“夜鷹”特勤隊成立於一九七八年，性質類似美國的反恐特警隊(SWAT)，深諳武術格鬥絕技，有“人間凶器”之稱。
海軍爆破大隊是唯一能從水下、陸地與空中滲透敵區的三栖特戰部隊，○五年並入海軍兩栖偵搜大隊。水下作業大隊，是電影“怒海潛將”描繪的水中救難和拆彈人員。
台“行政院”發言人江啟臣出身的海龍蛙兵是陸軍兩栖部隊，則負責外島的反恐和特戰任務。
黑衣部隊
臺軍海軍陸戰隊特勤隊，俗稱“黑衣部隊”。負責台灣南部地區的反恐任務，以及台灣海域反劫船任務，並隨時奉命執行陸戰隊特戰任務和重大突發事件。1980 年成立，為執行秘密任務直到1995年華興演習才首度公開亮相。1999年10月，“黑衣部隊”與陸軍“涼山特勤隊”同遭裁撤。
這支海軍陸戰隊是當時臺軍唯一的戰略預備隊，也是唯一有反登陸能力的單位。由於曝光時全員穿著黑色防火連身服，所以被稱作“黑衣部隊”，可以說是島內知名度相當高的一支特戰部隊。
1986年,台東岩灣監獄爆發了蔣介石退守台灣以來最大的囚犯集體大暴動。據報道，當時警方的保一總隊與空特部特勤隊均束手無策，而“黑衣特勤隊”只派出了67名特戰隊員，在毫無武裝的情形下平息了這場動亂，制服了所有持械及空手的暴動囚犯。自此威震八方。
這支部隊都是全志願人員，兵源多來自海軍陸戰隊的志願役軍士官，除了由士校甄選外，還指定選選拔。每次從大約120名的候選人當中，選出5名左右的正式隊員。要求無前科及不良嗜好，身高需170cm以上，體重限制為60至80公斤，裸視不可低於1.5，智商IQ110以上，並需具有武術功底，且身上不可有紋身。在訓練過程中，凡體力不符、檢測不過、學科測試不及格、或缺乏邏輯判斷思考能力、訓練中受傷、無法冷靜思考判斷者，均一律退訓。甄選率大約只有百分之五，初期訓練為期12個月，通過者即可成為正式隊員。
部分特訓項目：
體能訓練：全副武裝跑步或游泳超過10000公尺，平時跑步為早中晚各10000公尺。
甲級特訓：隊員要前往離島接受爆破，開鎖等訓練。
格鬥訓練(H2H)：在南部地區接受奪刀術及奪槍術外，柔道及跆拳道均需超過2段。
武器訓練：在北部地區學習各種槍炮彈藥的操作、維修與日夜間射擊。
潛水訓練：水肺(SCUBA)潛水與戰術運用。
反恐怖訓練：在中部地區進行反挾持、反劫機、反劫船與住民地作戰(CQC，包含巷戰，CQB等)。
空降訓練：在南部地區進行空降訓練。(島內唯一的傘降場在屏東)
山地訓練：在谷關進行山地特戰訓練，包括攀降，突擊與偽裝等。
載具操作：在南部地區學習各種交通工具的操作，包括飛行訓練與駕駛訓練。
情報訓練：隊員要前往東部地區進行情報偵查、反情報、反反情報作戰、滲透、反滲透等特訓。
電腦訓練：高科技時代特勤隊員亦需學習電腦和網路方面的常識，以利任務之進行，地點在北部地區。
